Консорциум проекта Русский Метагеном открыт к сотрудничеству по анализу метагеномных данных, относящихся как к кишечнику человека, так и к любым другим сообществам микроорганизмов. Мы с радостью окажем вам помощь в виде консультации или совместной аналитической работы над метагеномными данными.
 
Если Вы хотите с нами сотрудничать, то ниже представлены ссылки на документы по участию в совместных метагеномных проектах. В этих документах Вы сможете найти всю необходимую информацию по организации биомедицинского исследования и необходимым критериям для участия:
 
Анкета по специфике проекта
Шаблон договора о сотрудничестве
Информированное согласие
Требования по организации биомедицинского исследования
Цикл взаимодействия по проекту
Методика обработки данных
 
Ниже приведен список и краткая аннотация программного обеспечения и метагеномных web-сервисов, которые можно использовать при анализе данных.
 
MG-RAST (http://metagenomics.anl.gov/) - служба автоматической аннотации метагеномных данных.
 
IMG/M (https://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/m/main.cgi) - интегрированная система для изучения микробных геномов, разработанная для метагеномных исследований.
 
QIIME (http://qiime.org/) - конвейерная система обработки метагеномных данных, включающая в себя программные инструменты всех стадий, от препроцессинга/фильтрации до филогенетического анализа и сравнения сложных сообществ (публикация). 
 
Protein Peeling (http://www.dsimb.inserm.fr/dsimb_tools/peeling/). Одним из вариантов рассмотрения разнообразия белковых молекул в метагеномике является представление функциональных частей белков в виде т.н. белковых единиц (protein units). На основе данных о трехмерных структурах белков французским консорциумом был создан сервис Protein Peeling, позволяющий выделять структурно функциональные белковые единицы.
 
DODO (http://www.cosmologic-services.de/downloads/TM72-documentation/DOKse19.h...). Pачастую рассмотрение комплексного набора генов сводится к обобщению генов на основе ортологий. Для не аннотированных в базах данных геномов необходимо осуществлять поиск ортологов на осове последовательностей ДНК. Задача такого рода может быть решена с помощью алгоритма DODO.