Программное обеспечение и сервисы по исследованию метагеномных данных

Консорциум проекта Русский Метагеном открыт к сотрудничеству по анализу метагеномных данных, относящихся как к кишечнику человека, так и к любым другим сообществам микроорганизмов. Мы с радостью окажем вам помощь в виде консультации или совместной аналитической работы над метагеномными данными.
 
Если Вы хотите с нами сотрудничать, то ниже представлены ссылки на документы по участию в совместных метагеномных проектах. В этих документах Вы сможете найти всю необходимую информацию по организации биомедицинского исследования и необходимым критериям для участия:
 
Анкета по специфике проекта
Шаблон договора о сотрудничестве
Информированное согласие
Требования по организации биомедицинского исследования
Цикл взаимодействия по проекту
Методика обработки данных
 
 
Ниже приведен список и краткая аннотация программного обеспечения и метагеномных web-сервисов, которые можно использовать при анализе данных.
 
MG-RAST (http://metagenomics.nmpdr.org) - служба автоматической аннотации метагеномных данных.
 
IMG/M (http://img.jgi.doe.gov/m/doc/about_index.html) - интегрированная система для изучения микробных геномов, разработанная для метагеномных исследований.
 
QIIME (http://qiime.sourceforge.net) - конвейерная система обработки метагеномных данных, включающая в себя программные инструменты всех стадий, от препроцессинга/фильтрации до филогенетического анализа и сравнения сложных сообществ (публикация). 
 
Protein Peeling - Одним из вариантов рассмотрения разнообразия белковых молекул в метагеномике является представление функциональных частей белков в виде т.н. белковых единиц (protein units). На основе данных о трехмерных структурах белков французским консорциумом был создан сервис Protein Peeling, позволяющий выделять структурно функциональные белковые единицы -  http://www.dsimb.inserm.fr/dsimb_tools/peeling/ - публикация по этому методу здесь.
 
DODO - зачастую рассмотрение комплексного набора генов сводится к обобщению генов на основе ортологий. Для не аннотированных в базах данных геномов необходимо осуществлять поиск ортологов на осове последовательностей ДНК. Задача такого рода может быть решена с помощью алгоритма DODO - http://140.109.42.19:16080/dodo_web/home.htm - публикация об основах алгоритма здесь.