В статье обсуждается влияние длительной антибиотикотерапии на кишечную флору.
Приводятся примеры поведения флоры кишечника в ответ на различные антибиотики:
1) Клиндамицин, воздействующий преимущественно на анаэробную флору может создавать хорошие условия для размножения C. difficile и возникновению псевдомембранозного колита.
2)Амоксицилин, комбинированый антибиотк широкого спектра действия, в состав которого входят ампициллин(преимущественно воздействует на грамположительную флору)  и клавулоновая кислота(ингибитор бета-лактамаз, преимущественно воздействует на грамотрицательную флору) может привести к увеличению устойчивости  энтеробактерий и грам-положительных аэробных кокков.На мышах было показано уменьшение уменьшение количества Clostridium coccoides и Eubacterium rectale, но увеличение груп Enterobacteriaceae и Bacteriodes/Prevotella. На здоровых добровольцах было показано, что после 5 дневного курса, микрофлора кишечника восстанавливается в течении 60 дней.
Используя анализ 16s РНК посредством PCR-DGGE было показано, что большинство бактериальных групп восстанавливаются в течении 14 дней после антибиотикотерапии, за исключением бифидобактерий.

Рассматривается вопрос возникновения резистентности. У 3-х из 5 групп эритромицин-устойчивых энтерококков, после лечения кларитромицином через год обнаружился ermB ген, отвечающий за устойчивость к макролидам.Возникновение устойчивости так же может быть связано с переносом генов устойчивости от одной бактерии к другой.

Источник:

http://mic.sgmjournals.org/content/156/11/3216.full